La fosse septique assure la dégradation des matières organiques concentrées dans les eaux usées ainsi que la rétention des matières solides et des déchets flottants.
Les matières solides s’accumulent, en général, dans un premier compartiment et subissent une fermentation anaérobie basique que l’on appelle « digestion ». Cette digestion entraine la production de gaz. À la surface, les bulles entraînent des particules de boues qui finissent par former une croute appelée « chapeau ». Au fond, les matières solides se déposent. Un conduit de ventilation doit donc assurer l’évacuation des gaz tandis que des vidanges périodiques doivent permettre l’évacuation des matières solides.